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阿拉尔市地处天山南麓，塔克拉玛干大沙漠北缘，阿克苏河与和田河、叶尔羌河三河交汇之处的塔里木河上游，东经80度30分至81度58分，北纬40度22分至40度57分之间。东邻沙雅县，西依阿瓦提县，南、北靠阿克苏市，东北接新和县。东西长130千米，南北宽60千米。总面积4196平方千米，占农一师总面积的65.5％；其中城区规划控制面积879.64平方千米，城市总体规划建设总用地21平方千米。
阿拉尔市行政区域界线走向为：自东经81°52’56”、北纬40°56’25”起，自南偏西南至东经81°44’23”、北纬40°44’08”，再向南偏东南经塔里木河至东经81°58’04”、北纬40°28’14”，折向西沿塔南二干渠南侧三千米，经和田河、沿塔南总干渠南侧至上游水库，沿上游水库1.8亿立方米库容淹没线向北至北坝线，沿北坝线外侧100米向南偏东南至东经80°44’03”、北纬40°27’17”，然后向东略偏东北至阿克苏河，沿阿克苏河而上至阿克苏河拦河闸，再沿塔北总干渠而下，至东经80°36’44”、北纬40°39’48”，斜向东北方向至多浪水库北侧，沿多浪水库北侧至塔北截洪排，沿塔北截洪排北侧而下，折向东至起点。
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