马家浜遗址的发掘，引起了国内外考古界的重视。1959年5月，新华社发了消息，并记入《中华人民共和国要闻录》。此后，文物考古界对马家浜文化的归属，展开了学术讨论。1977年11月在南京召开的长江下游新石器时代学术讨论会上，考古学家认为长江流域和黄河流域同是中华民族文化起源的摇篮，并确认嘉兴马家浜遗址为代表的马家浜文化是长江下游、太湖流域新石器时代早期文化的代表，从此，马家浜文化正式定名。马家浜文化已载入《大不列颠百科全书》和1990年出版的《中国大百科全书?考古卷》，确定了它在史前文化考古中的地位。